Logotipe dominuojančios raidės A ir M simbolizuoja „Atžalyno“ mokyklą – vietą, kurioje prasideda jaunosios kartos kelias. Iš šių raidžių kylantys sparnai reiškia atžalas, tai yra mokinius, kurie čia auga, bręsta ir pamažu ruošiasi iškeliauti į platųjį pasaulį. Centre esantis paukštis – tai visų mokinių bendras simbolis. Jis primena, kad kiekvienas, baigęs mokyklą, tarsi išskrenda, palieka savo klasę ir pradeda savarankišką kelionę. „Atžalyno“ mokykla – tarytum lizdas, iš kurio jaunieji paukščiai pakyla į savo ateitį.
